Η Γραμματεία της ΕΕΝΜΑ είναι υπεύθυνη για την καθημερινή λειτουργία της Ένωσης, την επικοινωνία με τα μέλη της, τους εθνικούς και διεθνείς οργανισμούς καθώς και με τους λοιπούς επιχειρηματικούς και κοινωνικούς εταίρους:
Δανάη Τσόπελα – Διευθύντρια
Αλέξανδρος Λαγουρός – Σύμβουλος Ναυτιλιακών Θεμάτων
Σπύρος Κουρούπης- Σύμβουλος Επικοινωνίας
Μαρία Δημητράκου – Υπεύθυνη Γραμματείας
Εξωτερικοί Εμπειρογνώμονες
Άλκης Κορρές – Σύμβουλος Ευρωπαϊκών Θεμάτων
Παναγιώτης Γιαννούλης – Σύμβουλος Τεχνικών Θεμάτων